Московского
университета
Вестник
Серия 16 БИОЛОГИЯ
Издательство Московского университета
СОДЕРЖАНИЕ
Кирпичников Ì.Ï. Вступительная статья ............................ 3
Чалей Ì.Á., Кутыркин Â.À. Структура белков и скрытая периодичность в генах ............ 4
Воронина О.Л., Кунда М.С., Лунин В.Г., Гинцбург А.Л. Мультилокусное секвенирование — информативный
подход молекулярной экологии ............................... 7
Кривозубов М.С., Спирин С.А. Сравнение методов реконструкции филогении белков на материале природных
последовательностей .................................... 11
Гунбин К.В., Генаев М.А., Афонников Д.А., Колчанов Н.А. Компьютерная система анализа молекулярной
эволюции генов и белков: соотнесение молекулярной эволюции с эволюцией фенотипических признаков
организмов .......................................... 14
Мартынов А.В. На пути к синтезу таксономии, онтогенеза и филогенетики: новая концепция онтогенетической
систематики ...................................... 17
Горюнова С.В., Чикида Н.Н., Бадаева Е.Д., Пухальский В.А. Полиморфизм и филогения D-геномных видов
Aegilops L. по результатам анализа микросателлитных локусов хлоропластного генома ....... 21
Домблидес А.С., Домблидес Е.А., Харченко В.А., Потехин Г.А. Изучение генетического полиморфизма образцов
петрушки с использованием RAPD и ISSR маркеров .................... 25
Топоркова Я.Ю., Мухтарова Л.Ш., Гоголев Ю.В., Гречкин А.Н. Происхождение разнообразия семейства
CYP74 цитохромов P450 по результатам сайт-направленного мутагенеза ............... 29
Водолажский Ä.È., Страдомский Á.Â. Молекулярная филогения подрода Polyommatus (s. str.) (Lepidoptera:
Lycaenidae) на основе последовательностей митохондриального гена COI ............... 33
Кадырова Г.Д., Рыжова Н.Н., Кочиева Е.З. Филогенетические отношения у видов Fagopyrum, основанные
на данных анализа b/c интрона гена nad1............................. 36
Кайгородова È.À. Молекулярная филогения и систематика îëèãîõåò: pro et contra ........... 39
Петров Í.Á., Àë¸øèí Â.Â., Пегова À.Í., Офицеров Ì.Â., Слюсарев Ã.Ñ. Новые данные о филогении Mesozoa
на основании последовательностей генов 18 и 28S pPHK ................... 42
Балакирев À.Å., Рожнов Â.Â. Филогенетические взаимоотношения и видовой состав рода Niviventer (Rodentia,
Muridae) по данным исследования гена цитохрома b мтДНК ................. 46
Блехман À.Â., Захаров È.À., Горячева È.È. Внутривидовая дифференциация Harmonia axyridis Pall. по комплексу
морфологических полиморфных признаков и изменчивости митохондриального гена COI .... 50
Кравцова Л.С., Майер О.В., Щербаков Д.Ю. Филогенетические взаимоотношения байкальского эндемика
Paratanytarsus baicalensis (Tshern.) с представителями родов Paratanytarsus Thien. et Bause и Micropsectra
Kieff. (Diptera, Chironomidae) .................................. 54
Юшенова И.А., Зацепина О.Г., Пржиборо А.А., Евгеньев М.Б., Гарбуз Д.Г. Сравнительный анализ системы
генов hsp70 у двух видов семейства Stratiomyidae (Diptera) .................... 58
Крюков А.П. Сравнительная филогеография некоторых позвоночных Восточной Палеарктики ...... 62
Павлов С.Д., Мельникова М.Н., Сенчукова А.Л., Пивоваров Е.А. Разработка новых маркерных систем для
оценки генетического разнообразия камчатской микижи Parasalmo (Onchorhynchus) mykiss ....... 65
Шубина Е.А., Никитин М.А., Пономарева Е.В., Гриценко О.Ф. Молекулярная характеристика маркеров
как свидетельство адаптивной эволюции популяций мальмы (Salvelinus alpines ½ S. malma complex)Êóðèëüñêèõ
островов ....................................... 69
Вишневский О.В., Гунбин К.В., Бочарников А.В., Березиков Е.В. Анализ вырожденных олигонуклеотидных
мотивов в промоторах генов миРНК, экспрессирующихся в различных тканях млекопитающих ..... 73
Кузнецова Å.Â., Перетолчина Ò.Å., Рудиковский À.Â., Щербаков Ä.Þ. Видообразование in status nascendi
у яблони сибирской Malus baccata (L.) Borkh ........................... 76
Шевкунова À.Â., Урбанович Î.Þ. Пространственно-генетическая структура метапопуляции Melittis sarmatica
Klok. (Lamiaceae) на территории Волковысской возвышенности (Áåëàðóñü) ............ 80
Кузнецова Ì.Â., Марков Ã.Ã., Данилкин À.À. Генетическая гетерогенность благородного оленя (Cervus elaphus
L.) в Болгарии ...................................... 84
Андреев И.О., Спиридонова Е.В., Киръяченко С.С., Парникоза И.Ю., Майданюк Д.Н., Волков Р.А., Козерецкая
È.À., Кунах Â.À. Популяционно-генетический анализ Deschampsia antarctica из двух регионов Приморской
Антарктики ...................................... 88
Лопатовская К.В., Горбунов К.Ю., Русин Л.Ю., Селиверстов А.В., Любецкий В.А. Эволюция транскрипционной
регуляции синтеза пролина у гамма-протеобактерий .................... 92
Карпов П.А., Надеждина Е.С., Емец А.И., Блюм Я.Б. Кластерный анализ сходства ассоциированных с микротрубочками
и клеточным циклом серин-треониновых протеинкиназ человека с их растительными гомологами
........................................... 95
Куликов А.М., Лазебный О.Е., Рыбакова Е.Ю. Оценка равномерности хода молекулярных часов в родословных
видов дрозофил группы virilis .............................. 100
Кузнецова М.А., Пеков Ю.А., Ксенофонтов А.Л., Кордюкова Л.В., Друца В.Л. Оценка эволюционной стабильности
вируса группа типа А. Предсказание вариабельных участков в доменной структуре белка М1. . 104
Сорокина С.Ю., Андрианов Б.В., Митрофанов В.Г. Полная последовательность митохондриального генома
D. littoralis (Diptera: Drosophilidae): сравнительный анализ митохондриальных геномов в группе дрозофил
virilis........................................... 108
Указатель статей, опубликованных в журнале “Вестник Московского университета. Серия 16. Биология”
в 2010 ãîäó........................................ 112
НАУЧНЫЙ ЖУРНАЛ
Основан в ноябре 1946 ã.
¹4•2010•ÎÊÒßÁÐÜ–ÄÅÊÀÁÐÜ
Выходит один раз в три месяца
Стр.1
CONTENTS
Kirpichnikov M.P. Introduction .................................. 3
Chaley M.B., Kutyrkin V.A. Structure of the proteins and latent periodicity in the genes ........... 4
Voronina O.L., Kunda M.S., Lunin V.G., Gintsburg A.L. Multilocus sequence typing is important approach of
molecular ecology........................................ 7
Krivozubov M.S., Spirin S.A. Comparison of protein phylogeny reconstruction methods on natural protein sequences
............................................ 11
Gunbin K.V., Genaev M.A., Afonnikov D.A., Kolchanov N.A. Computer system for analysis of molecular evolution
modes of protein-coding genes (SAMEM): relation of molecular evolution with the phenotypical features of
organisms ........................................... 14
Martynov A.V. A new concept of ontogenetic systematic: toward to synthesis of taxonomy, ontogeny and phylogenetics
............................................ 17
Goryunova S.V., Chikida N.N. Badaeva E.D., Pukhalskiy V.A. Diversity and phylogeny of chloroplast genomes
in D-genome Aegilops L. group based on cpSSR-date ......................... 21
Domblides A.S., Domblides E.A., Kharchenko V.A., Potekhin G.A. RAPD and ISSR markers of study of genetic
variation among parsley (Petroselinum crispum (Mill.) Num.) accessions ................. 25
Toporkova Ya.Yu., Muchtarova L.Sh., Gogolev Yu.V., Grechkin A.N. Hypothetical of the CYP74 family of cytochromes
P450 diversity based on results of site-directed mutagenesis ................... 29
Vodolazhsky D.I., Stradomsky B.V. A molecular phylogeny of the subgenus Polyommatus (s. str.) based on mitochondrial
COI sequence (Lepidoptera: Lycaenidae) .......................... 33
Kadyrova G.D., Ryzhova N.N., Kochieva E.Z. Phylogenetic relationships in Fagopyrum species based on nucleotide
polymorphism of b/c intron of nad1 gene ............................ 36
Kaygorodova I.A. Molecular phylogeny in systematic of oligochaeta: pro et contra ............. 39
Petrov N.B., Aleshin V.V., Pegova A.N., Ophitserov M.V., Slyusarev G.S. New insight into phylogeny of Mesozoa:
evidence from 18 and 28S rRNA genes ............................ 42
Balakirev A.E., Rozhnov V.V. Phylogenic relationships and species composition in the genus Niviventer (Rodentia:
Muridae) in Vietnam as inferred from mitochondrial cytochrome b gene ................. 46
Blekhman A.V., Zakharov I.A., Goryacheva I.I. Intraspecific differentiation in Harmonia axyridis Pall. by complex
of morphological polymorphic features and variability of mitochondrial gene COI.............. 50
Kravtsova L.S., Meyer O.V., Sherbakov D.Yu. Phylogenetic relationships of endemic Paratanytarsus baicalensis
(Tshern.) to some species of Paratanytarsus Thien. et Bause and Micropsecnta Kieff. (Diptera, Chironomidae) . . 54
Yushenova I.A., Zatsepina O.G., Przhiboro A.A., Evgen’ev M.B., Garbuz D.G. A comparative analysis of the
hsp70 genes system in two species of the family Stratiomyidae (Dipter) .................. 58
Kryukov A.P. Comparative phylogeographic patterns of some vertebrates in East Palearctik .......... 62
Pavlov S.D., Melnikova M.N., Senchukova A.L., Pivovarov E.A. The development a new system of genetic markers
for Kamchatkan mykiss (Parasalmo (O.) mykiss) ......................... 65
Shybina E.A., Nikitin M.A., Ponomareva E.V., Gritzenko O.F. Characterization of molecular markers as evidence
of adaptive evolution of Salvelinus alpines ½ S. malma complex population s of Kuril Islands......... 69
Vishnevsky O.V., Gunbin K.V., Bocharnikov A.V., Berezikov E.V. Analysis of the degenerate motives in promoters
of miPNA genes expressed in different tissues of mammalians...................... 73
Kuznetsova E.V., Peretolchina T.E., Rudikovskiy A.V., Sherbakov D.J. The speciation in status nascendi of the Siberian
apple-tree of the species Malus baccata (L.) Borkh. ....................... 76
Shevkunova A.V., Urbanovich O.Yu. Spatial genetic structure of the metapopulation of Melittis sarmatica Klok.
(Lamiaceae) on the territory of Volkovysk Elevation (Belarus)...................... 80
Kuznetsova M.V., Markov G.G., Danilkin A.A. Haplotype diversity of Bulgarian red deer (Cervus elaphus L.) . . 84
Andreev I.O., Spiridonova E.V., Kyryachenko S.S., Parnikoza I.Yu., Maidaniuk D.N., Volkov R.A., Kozeretska I.A.,
Kunakh V.A. Population genetic analysis of Deschampsia antarctica from two regions of Maritime Antarctica . . 88
Lopatovskaya K.V., Gorbunov K.Yu., Rusin L.Yu., Seliverstov A.V., Lyubetsky V.A. The evolution of proline synthesis
transcriptional regulation in gamma proteobacteria ........................ 92
Karpov P.A., Nadezhdina E.S., Yemets A.J., Blume Ya.B. The results of clasterisation of human microtubule- and
cell cycle related serine-threoni protein kinases and their plant homologues ................ 95
Kulikov A.M., Lazebny O.E., Rybakova E.Yu. Estimation of the rate of molecular clock in lineages of the Drosophila
virilis species group..................................... 100
Kuznetsova M.A., Pekov U.A., Ksenofontov A.L., Kordyukova L.V., Drutsa V.L. Estimation of evolutional stability
of Influenza A virus. Prediction of variable regions in domain structure of M1 protein .......... 104
Sorokina S.Yu., Andrianov B.V., Mitrofanov V.G. Complete mitochondrial genome sequence of D. littoralis (Diptera:
Drosophilidae): comparative analysis of the mitochondrial genomes in Drosophila virilis species group . . . 108
Index of papers published in “Vestnik Moskovskogo Universiteta. Biologia” in 2010 ............ 112
© Издательство Московского университета,
“Вестник Московского университета”, 2010
Стр.2
Требования для предоставляемых статей
Статьи, направляемые в журнал “Вестник Московского университета. Серия 16. Биология”,
должны удовлетворять следующим требованиям.
1. Структура статьи должна включать краткое введение с ясным изложением состояния
проблемы, описание объектов и методов, изложение и обсуждение результатов, выводы.
Главное требование к описанию основной части публикуемого исследования — возможность
воспроизведения полученных результатов другими специалистами. Следует избегать повторений.
В частности, не допускается включение между введением и основным текстом перечисления
полученных результатов, которые будут приведены ниже. Выводы должны быть действительно
выводами, а не текстуальным перечислением по пунктам уже описанных результатов.
2. Статьи представляются в электронной форме в формате MS WORD, а также распечатанные
через два интервала на листах формата А4 (верхнее и левое поля не менее 3 см).
Объем статьи не должен превышать 10 страниц текста с размером шрифта Times New Roman
12 кегль. В левом верхнем углу первой страницы рукописи следует указать рубрику, ниже —
индекс УДК, соответствующий содержанию статьи. В следующих строках приводятся: название
работы, авторы с инициалами перед фамилиями, наименование подразделения биологического
факультета (кафедра, лаборатория), e-mail первого автора, русское резюме с ключевыми
словами (3—5). Все страницы рукописи с вложенными таблицами должны быть пронумерованы.
После списка литературы прилагается резюме статьи на английском языке
(не более 8 строк каждое) с указанием названия статьи и фамилий авторов (инициалы перед
фамилией), а также ключевых слов (3—5). Текст резюме должен содержать основные результаты
без декларативных утверждений и упоминания значимости проблемы.
3. После текста английского резюме обязательно указываются сведения об авторах: фамилия,
имя и отчество (полностью), научная степень, должность, место работы, телефон
(ñ êîäîì), e-mail.
4. Число таблиц не должно превышать 3—4, рисунков 3—4. Не допускается представление
одних и тех же материалов в табличной и графической формах.
5. Графические иллюстрации и фотографии представляются в электронном виде на
отдельном диске в формате tiff соответственно на электронном носителе формата CD (пиксельное
разрешение фотографий должно обеспечивать ясность всех деталей). Рисунки (каждый)
и подписи к рисункам и фотографиям представляются на отдельных листах в 2 экз.
6. В тексте ссылка на список литературы оформляется в квадратных скобках (в порядке
перечисления в тексте) с указанием номера источника. Если осуществляется ссылка на несколько
источников, то они перечисляются в порядке возрастания номеров через запятую,
íàïðèìåð: [3, 5, 8], если номера идут ïîäðÿä, то через тире [1—5].
7. Цитируемая литература приводится в пронумерованном (не по алфавиту, а в порядке
перечисления в тексте) списке в конце статьи.
Источники в списке литературы оформляются следующим образом:
Книга: Автор (инициалы после фамилии). Название. Город: Издательство, год. Общее
количество страниц (íàïðèìåð: 336 ñ.).
Статья в сборнике: Автор. Название статьи // Название сборника / Под ред. А.Б. Иванова.
Ãîðîä: Издательство, ãîä. Ñ. 5—7.
Статья в журнале: Автор. Название статьи // Журнал (возможно принятое сокращенное
íàçâàíèå). Ãîä. Том (Ò. (ðóñ.), или Vol. (èí.)). Номер (âûïóñê). Ñ. 15—20.
Автореферат (êàíä., äîêò): Àâòîð. Íàçâàíèå: (äâîåòî÷èå) Àâòîðåô. äèñ. ... êàíä. (äîêò.)
áèîë. íàóê. Ì. (ãîðîä), ãîä. 54 ñ.
Электронный ðåñóðñ: íàïðèìåð: Официальный сайт ЮНЕСКО (URL:http://www.unesco.org
27.10.2009) (äàòà последнего ïîñåùåíèÿ).
Ссылки на неопубликованные или находящиеся в печати работы не допускаются.
8. После списка литературы авторы делают подпись “Поступила в редакцию...” с указанием
даты сдачи рукописи в редколлегию. Все страницы соединять только скрепками.
9. Все размерности физических величин должны даваться в соответствии с Международной
системой единиц (СИ).
10. При наличии в тексте русских названий представителей различных царств живых
организмов в скобках обязательно должны быть указаны соответствующие латинские названия
(ðîä, âèä).
11. Плата с аспирантов за публикацию рукописей не взимается.
12. Подробнее с оформлением текста статей и списка литературы можно ознакомиться
на âåá-ñàéòå: http://git.bio.msu.ru/vestnik.html
Стр.3