92 УДК 575.852 ЭВОЛЮЦИЯ ТРАНСКРИПЦИОННОЙ РЕГУЛЯЦИИ СИНТЕЗА ПРОЛИНА У ГАММА-ПРОТЕОБАКТЕРИЙ К.В. <...> Лопатовская, К.Ю. Горбунов, Л.Ю. Русин, А.В. Селиверстов, В.А. Любецкий (Институт проблем передачи информации имени А.А. Харкевича УРАН; лаборатория математических методов и моделей в биоинформатике; e-mail: kristina@iitp.ru) Найден консервативный мотив перед генами proA и proB у многих -протеобактерий, наиболее широко представленный у Pseudomonas, Marinobacter и Shewanella. <...> Перед многими генами имеются пары сайтов кооперативного связывания белка обычно из 8 п.н. <...> На основе разработанного алгоритма предположено, что соответствующим транскрипционным фактором является белок из семейства TetR, ортологичный белку NP_249058 из P. aeruginosa PAO1. <...> Построено дерево видов, имеющих найденную нами регуляцию генов pro и три вложения в него: дерева самих генов pro, дерева доменов транскрипционных факторов и дерева сайтов связывания этих факторов. <...> Выведен сценарий совместной эволюции взаимодействующих элементов: генов, белковых факторов регуляции и сайтов связывания. <...> Ключевые слова: синтез пролина, белковое семейство TetR, регуляция транскрипции, -протеобактерии, эволюция, горизонтальный перенос генов. <...> У Pseudomonas aeruginosa экспериментально была показана зависимость транскрипции гена proA синтеза пролина от его концентрации [1, 2]. <...> Гены proA и proB кодируют два фермента (-глутамилкиназу и -глутамилфосфатредуктазу). <...> Предварительный анализ небольшого числа геномов у небольшого числа представителей родов Pseudomonas и Shewanella позволил выявить потенциальный консервативный мотив перед этими генами [3]. <...> Нами проведен поиск такого мотива перед генами proA и proB у всех протеобактерий. <...> Для поиска фактора связывания, соответствующего найденному мотиву, использована разработанная авторами программа, которая основана на сравнении филогенетического профиля сайтов с филогенетическими профилями всех бактериальных белков [4, 5]. <...> Для такого сравнения профиль мотива и профиль каждого белка представляются <...>