П. Г. Демидова
Кафедра органической и биологической химии
КОМПЬЮТЕРНАЯ ХИМИЯ
Методические указания
Рекомендовано
Научно-методическим советом университета для студентов,
обучающихся по направлению Химия
Ярославль
ЯрГУ
2013
1
УДК 543.06:543.2:004(072)
ББК Г.я73
К 59
Рекомендовано
Редакционно-издательским советом университета
в качестве учебного издания. <...> Методические указания знакомят студентовхимиков с основами пользования программами для написания формул химических соединений, их редактирования, компьютерного моделирования основных физико-химических свойств: ChemOffice и HyperChem. <...> В качестве примера типовых задач компьютерной химии
можно назвать следующие: поиск зависимостей типа «структура
— свойство»; генерацию наборов химических структур, отвечающих заданным параметрам (составу, наличию функциональных
групп и т. д.); перечисление всевозможных химических реакций
между заданными реагентами (так называемый «компьютерный
синтез») и т. д. <...> Методы компьютерной химии часто используются в сочетании с методами квантовой химии, молекулярной механики и др. <...> Они направлены в
первую очередь на ознакомление обучающихся общедоступным
программам ChemOffice и HyperChem как необходимым для написания химических соединений, их редактирования, компьютерного моделирования основных физико-химических свойств, состоят
из материалов для выполнения практических и лабораторных работ по дисциплине. <...> Химический редактор ChemDraw
Программа ChemDraw является компонентом пакета ChemOffice и предназначена для двухмерного рисования, редактирования молекулярных систем. <...> Рассмотрим структуру и основные элементы данного химического редактора на примере ChemDraw Ultra 8.0. <...> Запуск программы
Чтобы запустить программу, зайдите в меню Пуск → Все
программы→ ChemOffice 2004→ ChemDraw Ultra 8.0 <...> Интерфейс и рабочая область программы ChemDraw Ultra 8.0 представлены на рисунках. <...> Кнопка
(atom-to-atom mapping) отображает соответствие реакционных центров молекул. <...> Серия кнопок
(rings) позволяет быстро <...>
Компьютерная_химия_методические_указания.pdf
Министерство образования и науки Российской Федерации
Ярославский государственный университет им. П. Г. Демидова
Кафедра органической и биологической химии
КОМПЬЮТЕРНАЯ ХИМИЯ
Методические указания
Рекомендовано
Научно-методическим советом университета для студентов,
обучающихся по направлению Химия
Ярославль
ЯрГУ
2013
1
Стр.1
УДК 543.06:543.2:004(072)
ББК Г.я73
К 59
Рекомендовано
Редакционно-издательским советом университета
в качестве учебного издания. План 2013 года.
Рецензент
кафедра органической и биологической химии
Ярославского государственного университета им. П. Г. Демидова
К 59
Компьютерная химия: методические указания
/ сост. Д. А. Базлов, В. Ю. Орлов, А. Д. Котов, А. В. Цивов;
Яросл. гос. ун-т им. П. Г. Демидова. — Ярославль :
ЯрГУ, 2013. — 76 с.
Методические указания знакомят студентовхимиков
с основами пользования программами для написания
формул химических соединений, их редактирования,
компьютерного моделирования основных физико-химических
свойств: ChemOffice и HyperChem.
Предназначены для студентов, обучающихся по
направлению 020100.62 Химия (дисциплины «Компьютерная
химия» (блок СД), «Компьютерное обеспечение
химического анализа» (цикл Б3)), очной формы обучения.
УДК543.06:543.2:004(072)
ББК
Г.я73
© ЯрГУ, 2013
2
Стр.2
Оглавление
Введение...........................................................................................3
Практические занятия..................................................................5
Практическая работа 1
Практическая работа 2
ChemDraw. Запись схемы реакции
Знакомство с программным пакетом ChemOffice.
Химический редактор ChemDraw...............................................5
с указанием реакционных центров.............................................9
Практическая работа 3
Знакомство с интерфейсом
программы HyperChem...............................................................11
Практическая работа 4
HyperChem. Построение
и редактирование молекул.........................................................17
Практическая работа 5
Создание небольших молекул в 2D и 3D.................................22
Практическая работа 6
HyperChem. Формирование полипептида................................25
Практическая работа 7
Измерение параметров структур...............................................28
Практическая работа 8
Создание и редактирование
полипептидной цепи..................................................................30
Практическая работа 9
Минимизация энергии системы................................................37
Практическая работа 10
Моделирование динамики
и состояния равновесия..............................................................49
Литература.....................................................................................73
74
Стр.74