2 УДК 631.41 СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ЭФФЕКТИВНОСТИ МЕТОДОВ ВЫДЕЛЕНИЯ ПОЧВЕННОЙ ДНК ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ РАЗНООБРАЗИЯ АММОНИЙ-ОКИСЛЯЮЩИХ БАКТЕРИЙ И АРХЕЙ МЕТОДОМ ПЦР—ДГГЕ А.С. <...> Черобаева, А.Л. Степанов, И.К. Кравченко Проведена сравнительная оценка пяти методов, включая авторскую модификацию, экстракции и очистки препаратов почвенной ДНК для дальнейшего применения в молекулярных исследованиях разнообразия нитрифицирующих бактерий и архей в почвах. <...> Эксперименты, проведенные с образцами почв природных экосистем и агроэкосистем европейской части России, показали, что количество ДНК, полученной с использованием разных методов, существенно зависело от типа почвы. <...> Последующий молекулярный анализ (ПЦР—ДГГЕ), основанный на анализе фрагментов рибосомальных (16S рРНК) и функциональных (amoA) генов, продемонстрировал значительные различия в составе нитрифицирующих сообществ в зависимости от метода выделения ДНК. <...> Так, для анализа состава сообщества аммоний-окисляющих бактерий и архей в кислых почвах (дерново-подзолистая, серая лесная) лучшие результаты были получены при использовании метода, предложенного R.I. <...> В то же время в почвах с высоким содержанием гумусовых веществ (чернозем, каштановая) наиболее эффективным было применение коммерческих наборов реактивов. <...> Полученные результаты показали, что при проведении молекулярного анализа почвенных микробных сообществ необходимым этапом является подбор оптимальных условий выделения препарата ДНК, особенно для почв с высоким содержанием органических соединений и глинистых минералов, а также различного уровня кислотности. <...> Успех молекулярного анализа микробного сообщества в значительной степени зависит от качества выделенных из почв препаратов ДНК [12]. <...> Несмотря на то что в литературе описано большое число протоколов выделения почвенной ДНК (см., например, [4, 12]) и существует ряд коммерческих наборов реактивов, получение высококачественного препарата является <...>