Национальный цифровой ресурс Руконт - межотраслевая электронная библиотека (ЭБС) на базе технологии Контекстум (всего произведений: 634617)
Контекстум
.
Иммунология  / №1 2017

АНАЛИЗ ДАННЫХ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ РЕПЕРТУАРОВ АНТИТЕЛ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ УНИКАЛЬНЫХ МОЛЕКУЛЯРНЫХ ИДЕНТИФИКАТОРОВ (250,00 руб.)

0   0
Первый авторЛебедин
АвторыТурчанинова М.А., Егоров Е.С., Британова О.В., Чудаков Д.М.
Страниц5
ID576934
АннотацияИспользование высокопроизводительного секвенирования сделало возможным проведение глубокого анализа репертуаров последовательностей гипервариабельных CDR3 участков иммунных рецепторов. Однако способность B-клеточных рецепторов к накоплению на всем протяжении вариабельного домена гипермутаций, неотличимых по своей природе от ошибок ПЦР, а также низкое качество протяженного секвенирования существенно затрудняют анализ репертуаров полноразмерных вариабельных последовательностей иммуноглобулинов.
УДК612.017.1;577.2.083
АНАЛИЗ ДАННЫХ ВЫСОКОПРОИЗВОДИТЕЛЬНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ РЕПЕРТУАРОВ АНТИТЕЛ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ УНИКАЛЬНЫХ МОЛЕКУЛЯРНЫХ ИДЕНТИФИКАТОРОВ / М.Ю. Лебедин [и др.] // Иммунология .— 2017 .— №1 .— С. 61-65 .— URL: https://rucont.ru/efd/576934 (дата обращения: 20.04.2024)

Предпросмотр (выдержки из произведения)

1, 2 АнАлИз дАннЫХ вЫсОКОПРОИзвОдИтельнОГО сеКвенИРОвАнИЯ РеПеРтУАРОв АнтИтел с ИсПОльзОвАнИеМ УнИКАльнЫХ МОлеКУлЯРнЫХ ИдентИФИКАтОРОв 1 г. Москва; 2 г. Москва Использование высокопроизводительного секвенирования сделало возможным проведение глубокого анализа репертуаров последовательностей гипервариабельных CDR3 участков иммунных рецепторов. <...> Однако способность B-клеточных рецепторов к накоплению на всем протяжении вариабельного домена гипермутаций, неотличимых по своей природе от ошибок ПЦР, а также низкое качество протяженного секвенирования существенно затрудняют анализ репертуаров полноразмерных вариабельных последовательностей иммуноглобулинов. <...> В настоящем обзоре мы показываем, как применение уникальных молекулярных идентификаторов (unique molecular identifiers, UMI) и биоинформатического анализа позволяет получить практически безошибочный репертуар иммуноглобулинов для сложных популяций B-лимфоцитов, содержащих минорные гипермутировавшие подварианты. <...> Ключевые слова: гуморальный адаптивный иммунитет; репертуар антител; B-лимфоциты; молекулярное баркодирование; высокопроизводительное секвенирование. <...> Для цитирования: Лебедин М.Ю., Турчанинова М.А., Егоров Е.С., Британова О.В., Чудаков Д.М. <...> Анализ данных высокопроизводительного секвенирования репертуаров антител с использованием уникальных молекулярных идентификаторов. <...> 1,2 * HIGH-THROUGHPUT IMMUNOGLOBULIN SEQUENCING DATA ANALYSIS WITH THE USE OF UNIQUE Shemiakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry, Russian Academy of Science, 117997, Miklukho-Maklaya Pirogov Russian National Research Medical University, 117997, Ostrovityanova 1, Moscow, Russia. <...> High-throughput sequencing made deep analysis of immune receptors repertoires possible. <...> However, B cells’ ability to accumulate hypermutations indistinguishable from PCR errors along whole variable domain and low quality of extended sequencing still impose a serious obstacle to analysis of full-length variable immunoglobulin sequence repertoires. <...> In present review we demonstrate how molecular barcoding technique (unique molecular identifiers, UMI) and bioinformatics analysis provide nearly error-free immunoglobulin repertoires profiling of complex B-cell populations comprising minor hypermutated subvariants. <...> Keywords: humoral adaptive immunity; antibody repertoire; B cells; molecular barcoding; high-throughput sequencing. <...> High-throughput <...>