ПРИКЛАДНАЯ ИНФОРМАТИКА ¹ 4(22) 2009 Е. Л. Калишенко, К. В. Кринкин Система топологическогомоделирования структуры белковых молекул В статье рассматривается архитектура программной системы для моделирования и анализа пространственной структуры белка; обсуждается применение формализма конечной машины состояний для воспроизведения его известных структур; предлагается реализация модели молекулярной векторной машины как компилятора ДНК; проводится сравнение с известными аналогами. <...> Белок — высокомолекулярное органическое вещество, состоящее из соединенных в цепочку аминокислот. <...> Синтез информационной РНК происходит в ядре клетки. <...> На молекуле информационной РНК выделяются определенные триплеты (кодоны). <...> По мере передвижения информационной РНК по рибосоме происходит присоединение транспортной РНК своими антикодонами к коЛабораторияНейронныесистемы ПРИКЛАДНАЯ ИНФОРМАТИКА ¹ 4(22) 2009 Рис. <...> Синтез белка ЛабораторияНейронныесистемы 115 Е. Л. Калишенко, К. В. Кринкин ПРИКЛАДНАЯ ИНФОРМАТИКА ¹ 4(22) 2009 донам информационной РНК. <...> Задача моделирования топологической структуры белка Понимание механизмов функционирования живых систем, а значит, и возможность влиять на них, например, с помощью лекарственныхсредств, требуетзнания структурыбелковых молекул и глубокого понимания их функций. <...> Знание пространственной организации белковых молекул является ключом не только к пониманию их функций и механизма работы, но и основой для разработки эффективных и безопасных лекарственных средств. <...> С термодинамической точки зрения самосворачивание белка является переходом белковой молекулы в наиболее статистически вероятнуюконформацию(чтопрактическиможно приравнять к конформации с наименьшей потенциальной энергией). <...> Молекулярная векторная машина МВМ — абстракция процесса последовательного синтеза белка из 20 различных аминокислот, представляющая формирование пространственной структуры белка через действие <...>