№ 1 МОЛЕКУЛЯРНАЯ БИОЛОГИЯ УДК 577.323 МОДЕЛИРОВАНИЕ СТРУКТУРЫ ДНК-БЕЛКОВЫХ КОМПЛЕКСОВ С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНЫХ ДАННЫХ ПО РЕЗОНАНСНОМУ ПЕРЕНОСУ ЭНЕРГИИ И ПЕРЕКИСНОМУ ОКИСЛЕНИЮ Г.А. <...> Армеев, Т.К. Горковец, Д.А. Ефимова, К.В. Шайтан, А.К. Шайтан* Кафедра биоинженерии, биологический факультет, Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; Россия, 119234, г. Москва, Ленинские горы, д. <...> 12 * e-mail: alex@molsim.org Обсуждаются методы построения трехмерных моделей ДНК в комплексе с белками с помощью компьютерного моделирования и непрямых методов изучения конформации макромолекул. <...> Рассматриваются способы интерпретации экспериментальных данных, полученных непрямыми методами изучения трехмерной структуры биомолекул. <...> Обсуждаются аспекты интеграции такого рода данных в процесс построения молекулярных моделей ДНК-белковых комплексов на основании геометрических характеристик ДНК. <...> Предлагается алгоритм поиска конформации таких комплексов на основе данных экспериментов по ферстеровскому резонансному переносу энергии (FRET) и перекисному окислению ДНК (анализируемому с помощью метода гидроксильного футпринтинга), а также информации о локальной гибкости ДНК. <...> Алгоритм апробирован на примере построения гипотетической модели ДНК в нуклеосоме, связанной с гистоном H1. <...> Структура ДНК-белковых комплексов влияет на течение множества процессов, таких как транскрипция, репликация и репарация. <...> В исследованиях структуры додекамеров ДНК было показано, что реальная конфигурация этой макромолекулы значительно отличается от структуры идеальной двунитевой спирали. <...> Пространственная структура нуклеосом долгое время оставалась неизвестной, и лишь в 1997 г. методом рентгеноструктурного анализа (РСА) была впервые определена структура нуклеосомы с почти атомарным разрешением [2]. <...> Нуклеосома представляет собой октамер белков гистонов, который несет на себе 145–147 нуклеотидных пар. <...> Белковое ядро нуклеосомы образует <...>