266 УДК 543.51 МЕТОДЫ ОБРАБОТКИ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЧЕСКИХ ДАННЫХ ПРИ ИДЕНТИФИКАЦИИ ПЕПТИДОВ И БЕЛКОВ Е.И. <...> Шпигун2 (1ФГУП НЦ «Сигнал»; 2Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова; e-mail: eiberizovskaya@rambler.ru) Перед началом идентификации пептидов и белков методом масс-спектрометрии, как правило, проводят ферментативное расщепление, а затем записывают массспектрометрические данные полученных пептидов. <...> Применяют различные алгоритмы и программы для идентифицирования пептидов и белков с помощью поиска по базам данных и de novo секвенирования. <...> Ключевые слова: масс-спектрометрия, ферментативное расщепление, системы поиска, базы данных, de novo секвенирование. <...> Форматы данных, получаемых в масс-спектрометрических исследованиях, зависят от фирмы-производителя масс-спектрометрического оборудования: MS («Agilent») [4], WIFF («ABI/Sciex») [5], FID/.YEP/. <...> Основные подходы Для идентификации белков по масс-спектрам используют два метода: поиск по базам данных и de novo секвенирование. <...> При массспектрометрическом анализе пептидов и белков различают три подхода [10]: «top-down», «middledown» и «bottom-up». <...> В данном методе информацию об аминокислотной последовательности пептида получают за счет выделения из узкого диапазона масс родительских ионов, их фрагментации и последующей записи масс-спектра фрагментных (дочерних) ионов. <...> Успешная идентификация пептидов с использованием вышеуказанного подхода продемонстрирована в работах [15–23]. <...> «Middle-down» – недавно возникший подход, основанный на неполном протеолизе исходного белка с последующим массспектрометрическим анализом данных длинных пептидов методом «top-down» [24]. <...> При его реализации используют фермент, который «режет» пептид не так часто, как трипсин, что приводит к получению меньшего числа пептидов с большей молекулярной массой по сравнению с фрагментами, получаемыми при трипсинолизе. <...> . Для успешного применения данного метода необходима также приборная база, позволяющая получать масс-спектры <...>