Ч а л е й
ДЕКОМПОЗИЦИЯ СТРУКТУРЫ ПАТТЕРНА
СКРЫТОЙ ПРОФИЛЬНОЙ ПЕРИОДИЧНОСТИ
В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ ДНК
Рассмотрены методы декомпозиции случайных паттернов периодичности кодирующих последовательностей ДНК, в которых
наблюдается скрытая профильная периодичность. <...> Наблюдаемое
в таких последовательностях явление 3-регулярности, обусловленное триплетным генетическим кодом, позволило значительно
повысить эффективность процесса декомпозиции. <...> E-mail: vkutyrkin@yandex.ru, maramaria@yandex.ru
Ключевые слова: скрытая профильная периодичность, спектральностатистический подход, кодирующие районы ДНК, декомпозиция паттерна периодичности. <...> Понятие скрытой профильной периодичности (профильности) в
последовательностях ДНК введено в работе [1]. <...> Для распознавания
наличия профильности в ДНК был разработан специальный спектрально-статистический подход [2, 4]. <...> Согласно этому подходу, последовательность ДНК рассматривается как реализация случайной
строки, составленной из независимых случайных букв, каждая из которых задается вероятностным распределением четырех букв алфавита ДНК, соответствующих четырем нуклеотидам (нукл.) <...> Такую случайную строку называют периодичной, если ее можно представить в виде
последовательного повторения некоторой подстроки, называемой
паттерном периодичности. <...> Если вся строка периодична, ее называют
случайным тандемным повтором, определяемым таким паттерном. <...> В этом случае паттерн, состоящий из строки случайных букв, определяет мультиполиномиальную схему из N независимых испытаний,
где N — длина случайного тандемного повтора и его реализаций (последовательностей ДНК). <...> Если паттерн схематически представлен в
виде строки P C 1, ..., CL , где C 1, ..., CL — случайные буквы, случайный тандемный повтор имеет вид P... <...> При этом паттерн в виде заданной строки случайных букв определяет
профиль мультиполиномиальной схемы из N независимых испытаний. <...> Таким образом, мультиполиномиальная схема получена соответствующим <...>